一番大切なことは、やりとげること。

他にやりたいことがあるから退学するならまだしも、
大学に馴染めなくて自分に負けたから退学するのでは
全然意味が違う。

正直、学部四年から研究室に来ないのに大学に席をおいてもらって、感謝どころか不満を言うようでは、どこいっても成功しないよ。

それは現在は薄くなっていることではあるのですがあなたが所属していた「工学部」
というのは、「学の府」を目的として立っているのではない　ということです。

今でこそあまり注目されず、それこそ就職実績くらいでしか比較されていないかもしれませんが理学、工学では根底にある発想が全くの別物です。
とにかく探求したいのが理学、役に立つものを作りたいのが工学　といった具合に。
化学とかでは意外と理学、工学が近かったりしますが、物理などに関しては大きく異なっており、理論物理の研究者が応用物理を下に見たりなんていう冗談みたいなことがいまだにあったりします。

なので工学部に行っていたあなたが「就職予備校化がひどい」というは、靴屋に靴が置いてあることに文句を言っているのと大差ありません。
工学部は役に立つものを（中心に）学び、生かす人間を育てる学部なんですから企業に勤めて知識を生かすというのは、工学部の正当な道です。

あなたの工学部では卒論を提出しなければならないというのもそういった理由があると思いますよ。よい成果はあげられなくても結果はまとめなければいけません。だって結果が目的なんですから。

あなたは大学のどういった面を見ていたのですか？
「学の府であるべき」ということを学の府として用意されている学部に向かわずに語ることは
ただ単にあなたが考えた「こうあるべき」という妄想を押し付けているようにしか見えません。（もちろん全ての大学の全ての理学部が学の府だとは思いませんが・・・・）

是非、信じた道を進んでください。

本当はさ、大学ってのは最新の知識・設備・高度見識者が集まってて、
金に直結しないけどいろいろウダウダと研究したり、専門職のための技術研鑽したり、思索を深めたり、
個人では用意できないような高価で高度なものを利用させてもらったりとか、
そういう場所であるべきだと思うんだけどさ、
採用する企業側が大学から出てきた人間のそういうところ評価しないのよ。

会社側が大学に求めるものを変える。
もしくはなにも求めない。
そうしたら少しは変わるかもね。ただそうすると凡人は大学に投資しなくなるから猛烈な財政難と淘汰が起きそうだけど。